A finales de los años 90, Sporting Cristal tenía una plantilla poderosa para el medio y con muchos jugadores de selección, sim embargo detrás de ellos contaba también con una importante camada de jugadores juveniles con proyección para llegar a jugar en la máxima categoría.
En años anteriores Cristal brindó apoyo a Unión Huaral, Guardia Republicana y Alcides Vigo prestándoles a sus jugadores juveniles. Pero en el año 1998 el Club adoptó la posición de adquirir un equipo que compita en un torneo oficial.
Es así es que como, a fines de 1998, se da la adquisición del Sport Agustino y se inserta a Sporting Cristal B a la Segunda División, con una salvedad, era un equipo donde foguear a sus juveniles, pero no podía ascender a primera, aunque campeonara.
La participación del Sporting Cristal B siempre fue de regular para buena en la Segunda División.
Sus mejores campañas fueron en 1999 donde ocupó el segundo lugar detrás de América Cochahuayco, que no pudo ascender al perder la revalidación de la categoría ante Deportivo Pesquero, y en 2003 también quedó en segundo lugar detrás de Sport Coopsol, que vendió la categoría a la Universidad San Martín.
La última temporada del Cristal B en la Segunda fue en 2005, se despidió con un triunfo por 0-1 ante América Cochahuayco (gol de Edson Mejía).
En 2006, la Federación Peruana de Fútbol prohibió la participación de filiales de equipos de Primera División en otros torneos, por lo que Sporting Cristal B tuvo que vender su categoría al Deportivo Curibamba, llegando hasta allí su historia.
Algunos de los Jugadores que pasaron por las filas del Sporting Cristal B son:
- Gustavo Vassallo
- Renzo Sheput
- Guillermo Saco Vértiz
- Marco Ruiz
- Enrique Ísmodes
- Jhoel Herrera
- Édgar Villamarín
- Jesus Reyes
- Karlo Calcina
- Óscar del Portal
- Percy Manchego
- Norbil Romero
- Jean Pierre Moreno
- Alexander Fajardo
- César Balbín
- Charly Vicente
- Brian Belline
- Gianmarco Loncharich
- José Moisela
- Isaac Ponte
- Diego Martínez
- Piero Casella
- Enio Novoa
- Nelinho Quina
- Jersson Vásquez
- Freddy Barrios
- Enzo Castillo
- Juan Quiñónez
- Luis Laguna
- Edson Mejía.
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